Inżynieria genetyczna wciąż się rozwija, a lista jej zastosowań jest bardzo długa. Jednak jak każda nowa technologia ma swoich zwolenników i przeciwników, a oprócz niewątpliwych zalet posiada także wady. Nie wątpliwie jedną z pozytywnych cech stosowania inżynierii genetycznej jest tworzenie nowych odmian gatunków roślin uprawnych. Dzięki temu uzyskujemy rośliny dające wyższe plony, oraz mające większą odporność na szkodniki, warunki atmosferyczne, czy środki ochrony roślin. A jeśli zmodyfikujemy je jeszcze bardziej możemy uzyskać rośliny o smaczniejszych owocach i bogatszych w związki mineralne i witaminy niezbędna dla ludzkiego organizmu. Jeśli chodzi o człowieka to dzięki wprowadzeniu genu ludzkiego do bakterii to będą one produkowały ludzkie białka jak insulina potrzebna diabetykom chorym na cukrzycę, czynniki krzepliwości krwi dla chorych na hemofilię. Co najważniejsze można produkować tanio i bardzo wydajnie. Dzięki inżynierii genetycznej można tworzyć zwierzęta transgeniczne, w których mleku produkowane byłyby białka niezbędne dla ludzi chorych. Przyszłościowym zastosowaniem jest terapia genowa. Dzięki niej wielu pacjentów z chorobami genetycznymi będzie miało szanse wyzdrowieć bądź żyć normalnie to wielki krok dla tych ludzi. Niestety jak każda nowoczesna technika, także inżynieria genetyczna nie jest pozbawiona wad. Ingerowanie w geny żywych organizmów i tworzenie na duża skalę mutantów w laboratoriach napotyka na wątpliwości etyczne. Ludzie boją się jeść żywność modyfikowaną genetycznie, gdyż choć niewątpliwie jest ona lepsza od tradycyjnej, to nie poznano jeszcze jej wpływu na organizm człowieka, a negatywne skutki mogą pojawić się dopiero po wielu latach. Techniki inżynierii genetycznej mogą też służyć do klonowania. O ile używanie klonowania do badań lub w działaniach mających na celu zachowanie rzadkich gatunków można jeszcze zaakceptować, to klonowanie np. ulubionego kota dla zabawy, lub co gorsza klonowanie człowieka jest wysoce nieetyczne. Innym zagrożeniem płynącym ze stosowania technik inżynierii genetycznej jest możliwość użycia ich przez terrorystów. Teoretycznie możliwe jest wytworzenie nowego rodzaju śmiertelnych wirusów lub bakterii przeciwko którym nie ma szczepionki i użycie ich jako broni biologicznej. Bioterroryści mogą w ten sposób zmodyfikować np. bakterie wąglika lub dżumy, lub wiele innych chorób. Wymieniana wśród zalet terapia genowa też ma swoje wady. Wprowadzając nowy gen w niewłaściwe miejsce można uszkodzić prawidłowo działający gen, a nawet doprowadzić do wywołania nowotworu. Poza tym podawane obce wektory wirusowe mogą powodować silną odpowiedź obronną organizmu.