Metody inżynierii genetycznej mają bardzo szerokie zastosowanie zarówno w rolnictwie, gdzie wykorzystywana jest do produkcji tzw. roślin i zwierząt transgenicznych, które dzięki wprowadzeniu dodatkowego zespołu genów posiadają nowe właściwości, np. zboże odporne na herbicydy czy niekorzystne warunki środowiska, zwierzęta ze zmienionym genem hormonu wzrostu, które osiągają szybszy przyrost masy ciała. Kolejnym miejscem zastosowania inżynierii jest farmakologia. Bakterie wykorzystywane są do produkcji bardzo ważnych substancji białkowych i leczniczych, takich jak ludzkiej insuliny. Następnym obszarem zastosowania innowacyjnej technologii jest diagnostyka medyczna. To właśnie inżynieria genetyczna pozwala na postawienie skutecznej diagnozy dzięki umiejętności klonowania, czy rekombinacji fragmentów DNA. Trzecim obszarem zastosowań inżynierii są terapie genowe. Inżynieria pozwala na wymianę wadliwego genu i zastąpienie go genem działającym poprawnie. Warto dodać, że może być ona wykonywana na komórkach somatycznych jak i zarodkowych. Czwartym zastosowaniem są eksperymenty. To właśnie dzięki nim zmodyfikowane zwierzęta czy rośliny są wykorzystywane przez badaczy jako tzw. organizmy modelowe, dzięki czemu można dużo szybciej opracować nowe metody leczenia nieprawidłowości w organizmie człowieka. Ostatnim obszarem zastosowania inżynierii genetycznej jest inżynieria genetyczna człowieka. Polega ona nie tyle na terapii wadliwie działającego organizmu, co na poprawieniu lub wzmocnieniu niektórych cech ludzkich. Jako przykład można podać na przykład regulacja snu, zapotrzebowanie na pokarm, agresja czy skłonności do częstych zachorowań. Warto dodać, że w dzisiejszych czasach rodzice będą mogli ,,zaprojektować" sobie idealne dziecko, co wzbudza wiele kontrowersji i negatywnych opinii wśród ludzi.